一座被称为“深渊方舟”的移动监狱航行于太平洋公海，关押着各国无法定罪的顶级罪犯。鲁邦三世的老对手钱形警部被人陷害关入其中，而峰不二子也在调查同一组织时失踪。为了找回同伴，鲁邦故意被捕入狱。在这座由AI和无死角监控统治的钢铁牢笼里，他与同样身陷囹圄的宿敌展开临时合作。鲁邦发现，这座监狱的真正目的并非囚禁，而是强制罪犯进行无休止的“劳动改造”，背后的金主正试图打造一支由天才罪犯组成的私人军队。在次元大介和石川五右卫门的外部支援下，鲁邦必须在监狱抵达安全水域前，引发一场足以颠覆整座方舟的混乱，并揭露“过去的监狱”里埋葬的终极秘密。
回归系列初心的硬核之作，动作场面堪称剧场版最佳。鲁邦与钱形的“狱中CP”化学反应十足，对白幽默且充满男人味。最后的反转将前作彩蛋完美串联，老粉丝必看。
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