第二季紧接第一季结尾。为了对抗掠夺来的外星能量，黑猩猩队长在爆炸中牺牲了自己，但却意外与擎天柱的火种融合，升级为强大的“金属变体”形态。霸王龙也获得了外星合金，变成了更加霸气的红色金属变体。双方在原始地球的战争进入白热化。巨无霸一方迎来了新成员——神秘的虎鹰和闪电，而原始兽则造出了狂暴的狂飙。本季的关键是寻找坠毁在地球上的“方舟”飞船，以及沉睡其中的擎天柱。霸王龙企图改变历史，消灭沉睡中的擎天柱，而黑猩猩则必须不惜一切代价保护祖先的安全。最终，黑猩猩在擎天柱的手指间完成了最终的进化。
无数人的3D动画启蒙！第二季的画面和角色建模比第一季有了质的飞跃。剧情不再是简单的正邪对立，加入了时间悖论和火种源的史诗感。金属变体的战斗设计酷到没朋友，童年神作当之无愧。
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