平静的小镇突然发生时空扭曲，传说中的宇宙破坏神“王者基多拉”降临，它的目标是吸取地球的生命能量。小智、小遥和健太组成的“摩斯拉守护者”三人组再次挺身而出。他们通过古老的歌谣召唤出婴儿岛的守护神——摩斯拉。但摩斯拉的幼虫形态完全不是基多拉的对手，被三头六臂的引力光线打得遍体鳞伤。在关键时刻，摩斯拉蜕变为成虫，形态更加华丽。然而基多拉过于强大，摩斯拉不敌。三个孩子通过心灵感应，唤醒了沉睡在海底的古代魔斯拉。两只摩斯拉协同作战，利用闪耀的鳞粉干扰基多拉的视线，最终用双重“摩斯拉光”将王者基多拉封印回了亚空间。
虽然是特摄片，但情感非常真挚。摩斯拉为了保护孩子和地球而战的设定永远能打动人心。王者基多拉的压迫感塑造得极强，最终的双魔斯拉合体技让人热血沸腾。虽然特效如今看来有些陈旧，但那份属于童年的热血与感动是永不褪色的。
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